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Thèses en cours

 

Urcel Kalenga 31/12/2022
Urcel Kalenga
Définition, conception et évaluation d’un système d’informations pour le pastoralisme en zones péri-méditerranéennes françaises

Kalenga
Thésard : Urcel Kalenga
Contact - Lieu d'accueil : Maison de la Télédétection, 500 rue Jean-François Breton, 34093 Montpellier Cedex 5, France
Tél. : +33 6 13 12 43 69
Ecole doctorale : GAIA
Organisme d'accueil : AgroParisTech – UMR TETIS et SupAgro – UMR SELMET
Directeur(rice) de these : Magali JOUVEN (SupAgro, SELMET)
Encadrement à Tetis : Maguelonne TEISSEIRE et Lucile SAUTOT
Autre(s) encadrant(s) : 
Axe(s) Tetis concerné(s) : SISO
Contexte/Cadre du thésard : Informatique – données hétérogènes du pastoralisme
Début - Fin : 01/12/2019 - 31/12/2022


Résumé :

Au cours de cette thèse nous allons mettre en place un système d’informations capable de gérer les données hétérogènes du pastoralisme pour caractériser les dynamiques spatio-temporelles des ressources pastorales sur parcours et leurs utilisations par les troupeaux à l’échelle des unités de gestion.
Il s’agit essentiellement de définir les méthodes et techniques informatiques adaptées pour le stockage et le traitement des données de natures et sources diverses permettant d’extraire des informations pertinentes concernant les ressources pastorales et les comportements des troupeaux au pâturage, pour accompagner les différents acteurs du pastoralisme (bergers ; éleveurs ; techniciens agricoles et pastoraux ; enseignants ; chercheurs ; et opérateurs de gestion environnementale) dans le processus de prise de décision au cours de leurs activités.
Ce système d’informations constituera également un cadre de capitalisation des connaissances qui contribuera à l’amélioration des interventions liées au pastoralisme en zones péri-méditerranéennes françaises.

 

Mots-clés : Données hétérogènes, lac de données, pastoralisme
Rodrique KAFANDO 31/01/2022
Rodrique Kafando
Intégration et analyse de données hétérogènes massives pour une observation intelligente du territoire

Thésard : Rodrique KAFANDO
Contact - Lieu d'accueil : Maison de la Télédétection, 500 rue Jean-François Breton, 34093 Montpellier Cedex 5, France
Tél. : +33 7 66 12 12 45
Organisme d'accueil : INRAE – UMR-TETIS
Directeur(rice) de thèse : Maguelonne TEISSEIRE (INRAE, UMR-TETIS)
Encadrement à Tetis : Maguelonne TEISSEIRE, Lucile SAUTOT, Remy DECOUPES
Autre(s) encadrant(s) :
Axe(s) Tetis concerné(s) : SISO
Contexte/Cadre du thésard : Informatique – Fouille de données
Début - Fin : 01/02/2019 - 31/01/2022
Résumé : Le présent projet de thèse s'inscrit pleinement dans la démarche de la Cité intelligente. Il vise ainsi à développer des compétences autour d'une « observation intelligente du territoire ». Observation à partir de diverses sources d'informations (collectées, mesurées, interprétées), intelligentes car mettant en œuvre non seulement des technologies innovantes mais aussi des approches fondées sur l'hétérogénéité des sources, l'extraction des connaissances à partir de données massives.
L'intégration de données hétérogènes en prenant en compte l'écosystème « ville intelligente » de la Métropole (labos, start-up, collectifs...) se fonde sur des informations classiques (démographiques, économiques, climatiques ...) mais aussi sur des informations venant des projets portés par la Métropole. La finalité est de montrer le gain et l'efficacité de la mise en relation de données gérées jusqu'ici en silo et de l'organisation des interactions qui peuvent en découler. 

Mots-clés : Fouille de données, données hétérogènes, observation intelligente, territoire.
Patrick Kuchler
Patrick KUCHLER

Méthodologies et innovations technologiques pour le suivi et la planification de l'agriculture à faible teneur en carbone soutenant le plan brésilien de gouvernance ABC (Agricultura de Baixo Carbono).

Thésard : Patrick KUCHLER 
Contact - Lieu d'accueil : Maison de la Télédétection - ADRET - 500 rue Jean-François Breton, 34093 Montpellier Cedex 5, France
Tél. : 
Organisme d'accueil : Cirad
Directeur(rice) de these : Margareth Simoes (EMBRAPA, Br), Agnès BEGUE (CIRAD, UMR TETIS)
Encadrement à Tetis : Raffaele GAETANO
Autre(s) encadrant(s) : 
Axe(s) Tetis concerné(s) : ATTOS
Contexte/Cadre du thésard : Co-tutelle avec Univ. Rio (UERJ)
Début - Fin : 06/09/2017
Résumé : La proposition de recherche fait partie du projet GeoABC (Capes / Cofecub 845/15) – Méthodologies et innovations technologiques pour le suivi et la planification de l'agriculture à faible teneur en carbone soutenant le plan brésilien de gouvernance ABC (Agricultura de Baixo Carbono).
Le projet de thèse vise à évaluer des méthodes et des techniques innovantes dans le domaine de la télédétection et l'intégration des données spatiales pour la détection des pratiques agricoles et des systèmes de production agricole alignés avec les politiques bas carbone en agriculture, comme une action d'atténuation du changement climatique.
Parmi ces pratiques, la thèse étudie plus particulièrement l'utilisation de la télédétection pour cartographier les systèmes intégrés culture-élevage-forêt dans l’Etat du Mato Grosso. 

Anthonio Rakotoarison 12/2021
Anthonio Rakotoarison

Télédétection et modélisation spatiale : application à la surveillance et au contrôle du paludisme à Madagascar.

Thésard : Anthonio Rakotoarison
Contact - Lieu d'accueil : Institut Pasteur de Madagascar, Antananarivo
Tél. : 
Organisme d'accueil : CIRAD
Directeur(trice) de thèse : Annelise Tran (CIRAD) 
Encadrement à Tetis :  Autre(s) encadrant(s) : Solofoarisoa Rakotoniaina (Université d’Antananarivo), Fanjasoa Rakotomanana (Institut Pasteur de Madagascar), Hélène Guis (CIRAD-UMR ASTRE)
Axe(s) Tetis concerné(s) : AMoS, ATTOS
Contexte/Cadre du thésard : Projet ANISETTE (anisette.cirad.fr)
Début - Fin : 10/2018 - 12/2021
Résumé :  Le paludisme, dont le parasite est transmis par des moustiques du genre Anopheles, continue de tuer des millions de personnes dans le monde. Il touche une centaine de pays, et plus particulièrement les zones tropicales.
À elle seule, l’Afrique concentre 90 % des cas de décès dus au paludisme.
À Madagascar, le paludisme demeure un problème de santé publique majeur. En 2015, c’est la 3ème cause de morbidité avec un taux de 10,13 % tous âges confondus. L’enquête sur les indicateurs du paludisme de 2016 révèle que plusieurs districts présentent de fortes transmissions du paludisme, malgré la présence de six districts sanitaires classés en zones de pré-élimination avec un taux de positivité inférieur à 5 %.
La transmission du paludisme y est paludisme hétérogène. Il est caractérisé par deux profils épidémiologiques. Sur les Hautes Terres et le Sud subdésertique, le paludisme est instable et est caractérisé par une basse transmission. En revanche, il est stable et marqué par une haute transmission dans les régions côtières. Les facteurs environnementaux et climatiques influencent fortement la propagation spatio-temporelle du paludisme. Les changements globaux et climatiques modifient la structure du paysage ainsi que la dynamique de population de vecteurs.
Ces paramètres impactent en conséquence l’émergence et la diffusion du paludisme. L’objectif de la présente thèse est de développer des modèles alliant télédétection et modélisation spatiale afin de mieux comprendre et décrire les dynamiques spatio-temporelles de propagation du paludisme à Madagascar. Les modèles permettront d’étudier l’impact des modifications de l’environnement et des changements climatiques sur les dynamiques de population des Anopheles et la transmission du paludisme à Madagascar.

Hugo Deléglise 10/2021
Hugo Deléglise
Mise en relation de données hétérogènes pour le renforcement des systèmes de sécurité alimentaire. Cas de la production agricole en Afrique de l’Ouest

Thésard : Hugo Deléglise 
Contact - Lieu d'accueil : Maison de la Télédétection - Bâtiment ADRET - Bureau 221/MTD, 500 rue Jean-François Breton, 34093 Montpellier Cedex 5, France
Tél. : +33 4 67 54 87 54
Organisme d'accueil : Cirad
Directeur(rice) de these : Mathieu Roche (CIRAD, UMR TETIS)
Encadrement à Tetis : Roberto Interdonato, Agnès Bégué, Maguelonne Teisseire
Autre(s) encadrant(s) : Elodie Maitre D'Hotel
Axe(s) Tetis concerné(s) : SISO
Contexte/Cadre du thésard : Thèse cofinancée par #DigitAg
Début - Fin : 10/2018 - 10/2021
Résumé : Cette thèse vise au renforcement des systèmes de suivi de la sécurité alimentaire (SSA) par l’utilisation de données hétérogènes. Alors que les données agro-climatiques (imagerie satellitaire, données climatiques, etc.) sont largement utilisées dans les SSA, l’utilisation de données provenant de différents domaines (enquêtes ménages, médias sociaux, presse, analyse de marché) a souvent été négligée. La télédétection, utilisée en routine pour les suivis en temps réel de la croissance de la végétation, ne suffit pas à expliquer des situations d’insécurité alimentaire. 
L’objectif de cette thèse est double :
          (i) définir des techniques originales de fouille de données conçues spécifiquement pour le traitement de données hétérogènes. Pour cela, trois phases ont été identifiées : l’identification automatique des descripteurs spatiaux à partir des données hétérogènes, la mise en relation des descripteurs (par la définition de nouvelles mesures de similarité) et la fouille de données (nouvelles techniques d’analyse de réseau, de clustering et d’apprentissage profond) ;
          (ii) montrer comment les données de télédétection peuvent être enrichies en les reliant à des données de domaines différents afin de les rendre plus adaptées à l’analyse de phénomènes complexes de sécurité alimentaire.
Pour ce travail, nous nous concentrerons sur des études menées au Burkina Faso, en mobilisant des données agroclimatiques, économiques et textuel. 

Mots-clés : Sécurité alimentaire, données hétérogènes, intelligence artificielle, agriculture, Afrique de l’Ouest.
Florent Rumiano 10/2021
Florent Rumiano

Modélisation spatiale de la mobilité animale : assimilation de données d’Observation de la Terre pour l’étude des contacts entre faune domestique et faune sauvage et la transmission d’agents pathogènes. L’exemple des populations herbivores à la périphérie des aires protégées en Afrique Australe

Thésard : Florent Rumiano
Contact - Lieu d'accueil : CYROI, 2 rue Maxime Rivière, 97490 Sainte-Clotilde, Ile de la Réunion
Tél. : 02 62 93 88 26
Organisme d'accueil : CIRAD
Directeur(trice) de thèse : Annelise Tran (CIRAD)

Encadrement à Tetis : Pascal Degenne (TETIS)
Autre(s) encadrant(s) :
Alexandre Caron (CIRAD-UMR ASTRE), Eve Miguel (IRD-UMR MIVEGEC), Michel De Garine-Wichatitsky (CIRAD-UMR ASTRE)
Axe(s) Tetis concerné(s) :
AMoS, ATTOS
Début - Fin : 10/2018 - 10/2021
Contexte/Cadre du thésard : Projet Muse TEMPO (Cette thèse vise à modéliser, à partir de données d’observation de la Terre multi-sources, l’utilisation du paysage par des populations animales sauvages et domestiques afin de mieux caractériser les contacts et leurs déterminants dans les zones d’interface sauvage/domestique et d’estimer le risque de transmission d’agents pathogènes.
Le modèle d’étude considéré concerne les contacts entre herbivores domestiques et sauvages à la périphérie des aires protégées en Afrique Australe, une région du monde qui abrite de nombreux parcs nationaux et où les mouvements d’animaux entre les habitats naturels et anthropiens sont fréquemment observés dans les deux directions. Deux maladies seront étudiées : la fièvre aphteuse et la fièvre de la vallée du Rift.)
Résumé : Dans un contexte où 70% de la population mondiale vivra dans une ville en 2050 et où 95% de la population de plusieurs régions du monde sont déjà sous influence urbaine, les villes exercent une influence croissante sur les systèmes alimentaires, en interaction avec - ou en y projetant - leurs propres enjeux et besoins.  Cette thèse s’intéressera à l’application de la méthodologie développée dans le cadre du projet NetCost dans le but de mieux cerner l’approvisionnement alimentaire des villes, son évolution récente et possible, dans un contexte marqué à la fois par le développement des stratégies de relocalisation de l’alimentation et la montée des questionnements sur la résilience des différentes chaînes d’approvisionnement des villes.
Nous nous intéresserons en particulier aux chaînes d’approvisionnement agro-alimentaire dans la région de Montpellier dans le but de quantifier l’effort nécessaire à fournir par les différents acteurs du territoire (producteurs, transformateurs, distributeurs et consommateurs) pour mettre en place un système alimentaire urbain durable basé notamment sur les circuits courts alimentaires. La thèse se situera donc à la croisée de plusieurs champs de recherche avec une forte composante méthodologique (analyse de données, modélisation spatiale et physique statistiques) mais également thématique (géographie, économie spatiale et nouvelle sociologie économique).

Milo Monnier 11/2021
Milo Monnier

Caractérisation et modélisation des flux alimentaires dans les systèmes urbains

Thésard : Milo Monnier
Contact - Lieu d'accueil : Maison de la Télédétection - Adret
Tél. : 
Organisme d'accueil : IRSTEA
Directeur(trice) de thèse : Dino Ienco (IRSTEA)
Encadrement à Tetis : Maxime Lenormand (IRSTEA), Dino Ienco (IRSTEA)
Autre(s) encadrant(s) :
Yuna Chiffoleau (INRA)
Axe(s) Tetis concerné(s) :
AMoS
Contexte/Cadre du thésard : 
Projet ANR NetCost
Début - Fin : 
11/2018 - 11/2021
Résumé : Dans un contexte où 70% de la population mondiale vivra dans une ville en 2050 et où 95% de la population de plusieurs régions du monde sont déjà sous influence urbaine, les villes exercent une influence croissante sur les systèmes alimentaires, en interaction avec - ou en y projetant - leurs propres enjeux et besoins.
Cette thèse s’intéressera à l’application de la méthodologie développée dans le cadre du projet NetCost dans le but de mieux cerner l’approvisionnement alimentaire des villes, son évolution récente et possible, dans un contexte marqué à la fois par le développement des stratégies de relocalisation de l’alimentation et la montée des questionnements sur la résilience des différentes chaînes d’approvisionnement des villes.
Nous nous intéresserons en particulier aux chaînes d’approvisionnement agro-alimentaire dans la région de Montpellier dans le but de quantifier l’effort nécessaire à fournir par les différents acteurs du territoire (producteurs, transformateurs, distributeurs et consommateurs) pour mettre en place un système alimentaire urbain durable basé notamment sur les circuits courts alimentaires. La thèse se situera donc à la croisée de plusieurs champs de recherche avec une forte composante méthodologique (analyse de données, modélisation spatiale et physique statistiques) mais également thématique (géographie, économie spatiale et nouvelle sociologie économique). 

Mots-clés : Modélisation spatiale, réseau, résilience, système alimentaire, chaînes d'approvisionnement.
Frédérique Montfort fin??
Frédérique Montfort

Dégradation et Restauration des paysages forestiers du Miombo au Mozambique

Thésard : Frédérique Montfort
Contact - Lieu d'accueil : Maison de la Télédétection - Adret
Tél. :
Organisme d'accueil : CIRAD Directeur(rice) de thèse : Lilian BLANC (CIRAD, UR F&S)
Encadrement à Tetis : Agnès Bégué Autre(s) encadrant(s) : Clovis Grinand (NITIDAE), Valery Gond (CIRAD, UR F&S)
Axe(s) Tetis concerné(s) : ATTOS
Contexte/Cadre du thésard : Bourse CIFRE NITIDAE
Début - Fin : 01/12/2017
Résumé : L’identification des zones vulnérables à la dégradation des terres, ainsi que la compréhension des principaux processus et facteurs de changement, sont des enjeux importants pour mettre en place des mesures d’atténuation et adapter les stratégies et les priorités de restauration.
Pour atteindre la cible 15.4 des Objectifs de Développement Durable (ODD), et restaurer les terres dégradées, les pays doivent être capables de mesurer la dégradation des terres à l’échelle nationale. Cependant, malgré les directives internationales et la reconnaissance politique et scientifique de l’importance de la dégradation des terres, de nombreux pays, dont le Mozambique, manquent d’estimations actuelles et fiables sur l’état de la dégradation des terres. De plus, pour accroître les chances de succès des projets de restauration, il est nécessaire d’améliorer les connaissances sur les dynamiques des écosystèmes forestiers et des processus écologiques des forêts sèches pour orienter les décisions.
A travers ce constat, l’objectif principal de cette thèse est d’évaluer la dégradation des terres, et les opportunités de restauration forestière pour en déduire les priorités et les orientations de restauration à différentes échelles au Mozambique.
Pour cela, quatre actions sont prévues :
     1.
Fournir des estimations de la dégradationdes terres à l’échelle nationale, notamment à partir d'images de télédétection ;
     2. Identifier les principaux facteurs de la dégradation; 
     3. Orienter les décisions de restauration (zone prioritaires, techniques); 
     4. Proposer des scénarios liés à la dégradation et à la restauration. 

 
Mots-clés : Dégradation des terres Restauration Forêt sèche de Miombo Services écosystémiques Paysages Mozambique.
GBODJO Yawogan Jean Eudes - 31/10/2021
Jean Eudes GBODJO Yawogan 

Amélioration des systèmes de suivi de cultures à l'échelle du paysage à partir de la télédétection multi-source et des techniques d'apprentissage automatique" ou "Leverage multi-source remote sensing data via machine learning to improve crops monitoring systems

Thésard : Jean Eudes GBODJO Yawogan  
Contact - Lieu d'accueil : Maison de la Télédétection - 500 rue Jean-François Breton, 34093 Montpellier Cedex 5, France
Tél. : 
Organisme d'accueil : Irstea
Directeur(trice) de thèse :  Dino Ienco
Encadrement à Tetis :
Autre(s) encadrant(s) : Louise Leroux
Axe(s) Tetis concerné(s) : SISO / ATTOS
Contexte/Cadre du thésard : Institut de Convergence DigitAg
Début - Fin : 01/11/2018 - 31/10/2021
Résumé : Face à l’explosion démographique et les impacts environnementaux des changements climatiques que connait notre temps, garantir la sécurité alimentaire des populations tout en favorisant une agriculture durable préservant les écosystèmes terrestres et la biodiversité (Objectifs 2 et 15 du Développement Durable des Nations Unies) devient un enjeu majeur pour le futur de notre société.
À l’heure où les missions satellitaires se multiplient (ex. Sentinel), diverses sources d’informations sont maintenant disponibles pour mieux suivre et caractériser les systèmes agricoles ainsi que les pratiques associées à l’échelle régionale, nationale et globale.
Parallèlement, l’intégration de ces diverses sources de données notamment pour des problématiques agronomiques reste un vrai défi.
L’objectif de cette thèse est de proposer des méthodes innovantes basées sur l’apprentissage automatique des données (profond) pour intégrer les différentes sources d’informations apportées par les séries temporelles optiques et radar et l’imagerie à très haute résolution spatiale dans le but d'améliorer la caractérisation des surfaces cultivées et l’estimation des rendements agricoles à partir de données collectées sur le terrain. Les approches mises en place seront évaluées sur des sites contrastés en termes de systèmes de cultures et/ou de pratiques agricoles (France, Sénégal).
Ceci permettra dès lors de mener une étude comparative des potentialités offertes par nos méthodes notamment leur portabilité mais aussi d’analyser de façon approfondie la pertinence des sources utilisées pour chaque site tant du point de vue des capteurs que des indices calculés ou de leur temporalité pour améliorer les systèmes de suivi de cultures.

  

Mots-clés : Apprentissage profond, Télédétection multi-source, Occupation des sols, Rendements agricoles.
Martin LENTSCHAT - 31/09/2021
Martin LENTSCHAT 

ARTEXT4LOD - EXTraction de relations n-ARy pour les données ouvertes liées

Thésard: Martin LENTSCHAT  
Contact - Lieu d'accueil: Maison de la Télédétection - Bâtiment ADRET - bureau 222 - 500 rue Jean-François Breton, 34093 Montpellier Cedex 5, France
Tél.
Organisme d'accueil: Cirad
Directeur (trice) de thèse: Patrice BUCHE (directeur, UMR IATE, INRA Montpellier)
Encadrement à Tetis: Mathieu ROCHE (co-directeur)
Autre (s) encadrant (s):  Juliette DIBIE (co- directrice, Département MMIP, AgroParisTech)
Axe (s) Tetis concerné (s): SISO 
Début - Fin: 01/10/2018 - 31/09/2021

Contexte / Cadre du thésard :
This thèse en text-mining s'inscrit dans le cadre du projet MUSE TEXT4LOD. Elle fait suite à la thèse de Lilia BERRAHOU, achevée en septembre 2015, qui concernait la reconnaissance et l'extraction d'arguments de relations N-Aires dans les textes scientifiques, le processus étant guidé par une Ressource Termino-Ontologique.
Résumé :
Cette thèse s'attaque à la problématique de l'extraction des connaissances expérimentales et de leurs représentations. L'objectif est ici d'enrichir une base de connaissances utilisée dans les outils d'aides au prix de décisions extrayant des arguments de relations n-Aires dans des documents scientifiques textuels. Notre approche se basera sur les techniques précédemment établies; cad utilisant une Ressource Termino-Ontologique établie par des experts afin de guider le processus d'extraction et la recherche de motifs séquentiels fréquents, tout en offrant de nouveaux éléments qui ont permis d'enrichir le processus d'extraction. En effet en Regardant à la fois les métadonnées et les informations contextuelles il sera possible d'avoir de nouvelles dimensions au processus, que cela soit pour guider ou enrichir les relations N-Aires extraites et ce à toutes les étapes de l'extraction. Une prise en compte sémantique et syntaxique plus poussée sera également décrite. 

Mots-clés: fouille de texte, relations N-Aires, Ressource Termino-Ontologique, méta-données, informations contextuelles, fouille de données, analyse syntaxique.
Guilhem Marre - 12/2020
Guilhem Marre

Développement de la photogrammétrie et d’analyses d’images associées pour le suivi d’habitats et de structures sous-marines.

Thésard : Guilhem Marre
Contact - Lieu d'accueil : Maison de la Télédétection - 500 rue Jean-François Breton, 34093 Montpellier Cedex 5, France
Tél. :33 (0)4 67 55 86 15 
Organisme d'accueil : Irstea
Directeur(trice) de thèse : Sandra Luque (Cirad)
Encadrement à Tetis : 
Autre(s) encadrant(s) : 
Axe(s) Tetis concerné(s) : ATTOS
Contexte/Cadre du thésard : 
Début - Fin : 17/02/2017 - 12/2020
Résumé : Je suis actuellement en 1ère année de thèse CIFRE entre la société Andromède Océanologie et les laboratoires TETIS et ISEM à Montpellier. Je m’intéresse à l’utilisation de la photogrammétrie pour l’étude et le suivi des habitats marins côtiers.
Cette technique permet de capturer la structure d’un habitat en 3D à un instant t à partir de clichés 2D, et d’en extraire une mine d’indicateurs, des plus simples (longueurs / volumes) aux plus sophistiqués (indicateurs de complexité structurale, reconnaissance de formes 3D,…).
Leur comparaison dans le temps et l’espace permettra de suivre finement la qualité écologique des habitats les plus sensibles.


Mots-clés : photogrammétrie, 3D, écologie marine, cartographie habitat.

Site avec les résultats

Marion Haramboure 10/2020
Marion Haramboure

Modélisation de la dynamique des populations naturelles d'Aedes albopictus et réponse à la lutte antivectorielle

Thésard : Marion Haramboure
Contact - Lieu d'accueil : CYROI, 2 rue Maxime Rivière, 97490 Sainte-Clotilde, Ile de la Réunion
Tél. : 02 62 93 88 26
Organisme d'accueil : CIRAD
Directeur(trice) de thèse : 
LABBE Pierrick
Encadrement à Tetis : Annelise Tran (CIRAD)
Autre(s) encadrant(s) :
Pierrick Labbé (ISEM), Thierry Baldet (CIRAD-UMR ASTRE)
Axe(s) Tetis concerné(s) :
AMoS
Contexte/Cadre du thésard : Projet REVOLINC (revolinc.cirad.fr)
Début - Fin : 10/2017 - 10/2020
Résumé : Le moustique tigre, Aedes albopictus, représente une menace sanitaire par la transmission de maladies virales humaines (ex : dengue, chikungunya, zika). Lors d’importantes épidémies, le contrôle des populations d’Ae. albopictus repose sur l’utilisation de produits phytosanitaires. Cependant la diminution de molécules actives utilisables, le développement des mécanismes de résistance aux insecticides et leurs effets néfastes sur l’environnement compromettent leur utilisation à long terme. Il apparaît ainsi nécessaire de mettre au point des méthodes de contrôle alternatives des populations. La TIS (Technique de l'Insecte Stérile) est une méthode de lutte intégrée consistant à lâcher des mâles rendus stériles par irradiation.
Toutefois, la mise en place de la TIS suppose que la quantité de mâles stériles soit suffisante pour inonder la population cible d’une part, et que le nombre de mâles stériles surpasse celui des mâles sauvages d’autre part. Pour dépasser ces limites, une variante de la TIS, baptisée TIS renforcée, a été mise au point. Il s’agit d’une variante de la TIS où les mâles stériles sont considérés comme un moyen de contamination spécifique des femelles avec un agent de contrôle. Cependant, l'expérimentation de ces pratiques à travers les échelles spatiales et temporelles reste coûteuse.
Dans ce contexte, les modèles mathématiques sont des outils de choix pour tester et optimiser ces stratégies de contrôle. L’objectif de cette thèse est de développer des modèles de dynamique de population du vecteur Ae. albopictus, afin d’explorer les effets démographiques des stratégies de contrôle à l’échelle de l’île de la Réunion. Les résultats permettront de comprendre les effets ajoutés de la TIS renforcée sur la TIS et d’identifier des modes de gestion efficaces et durables.

 

Arthur Crespin-Boucaud - 31/10/2020
Arthur Crespin-Boucaud

Suivi des systèmes de culture par analyse de séries temporelles d'images satellite à très haute résolution et modélisation spatialisée : Application à La Région des Hautes Terres, à Madagascar.

Thésard : Arthur Crespin-Boucaud
Contact - Lieu d'accueil : Maison de la Télédétection - 500 rue Jean-François Breton, 34093 Montpellier Cedex 5, France
Tél. :33 (0)4 67 55 86 15 
Organisme d'accueil : Cirad
Directeur(trice) de thèse :  Agnès Bégué (Cirad, UMR TETIS)
Encadrement à Tetis : Valentine Lebourgeois (Cirad), Danny Lo Seen (Cirad)
Autre(s) encadrant(s) : 
Axe(s) Tetis concerné(s) : AMOS et ATTOS
Contexte/Cadre du thésard : Projet SAMSAM (Satellite time-series Analysis and Modelling for Small Agriculture Mapping)
Début - Fin : 31/10/2018 - 31/10/2020
Résumé : Dans les prochaines décennies, la combinaison du changement climatique et des pressions démographiques et environnementale est susceptible d'avoir des impacts significatifs sur les moyens de subsistance et les systèmes alimentaires. Au sein des pays en voie de développement, certains de ces impacts vont être plus importants, notamment dans les systèmes d’exploitation familiale où l’agriculture pluviale est une activité économique dominante mais à faible capacité d’adaptation. Accroître la sécurité alimentaire de ces espaces de manière durable demande un meilleur suivi des systèmes de culture et de leur production. A Madagascar, en 2010, 68 % des ménages vivaient de l’agriculture dans un contexte de forte instabilité économique et politique tout en étant exposés à des événements climatiques extrêmes tels que les cyclones ou les sécheresses. 
Située au centre de Madagascar, dans les Hautes Terres, la région du Vakinankaratra est caractérisée par une densité de population très élevée et par une production agricole parmi les plus intensives du pays. Dans cette région, l’espace agricole est défini par une taille moyenne des parcelles très faible (1,05 ha pour la région et entre 0,10 et 0,5 ha pour l’Ankaratra) avec une grande hétérogénéité intra-parcellaire, une forte fragmentation du paysage, la présence de végétation naturelle entre les parcelles et une synchronisation des phénologies des agro-systèmes et des éco-systèmes. 
La cartographie et la caractérisation de cette agriculture principalement familiale est donc complexe à effectuer à l’aide de données satellitaires, notamment du fait de la taille des champs (souvent inférieure à celle du pixel) et de la forte nébulosité lors de la saison des pluies, qui correspond à la période de croissance. Récemment lancée, la mission Sentinel-2 présente de forts potentiels pour améliorer l’observation de ce type d’espaces agricoles grâce à la haute résolution spatiale de de ces images (10 m), et sa fréquence de revisite de 5 jours. Afin de la préparer, des projets ont simulé ces données (Sentinel2-Agriculture, Projet TOSCA Syst-Cult) et ont utilisé des méthodes ensemblistes de classification par apprentissage automatique. Les résultats de ces études montrent de bons résultats pour l’agriculture intensive mais qui restent améliorables pour les zones tropicales de petite agriculture.
 Ce doctorat a pour but de développer une approche originale couplant télédétection et modélisation de dynamiques spatiales à l’aide du langage de modélisation Ocelet (
www.ocelet.fr) afin d’améliorer la caractérisation des espaces de petite agriculture familiale malgaches. L’approche se base sur l’utilisation conjointe de données de télédétection à haute résolutions spatiale (traduisant la structure des objets composant le paysage) et temporelle (traduisant leur fonctionnement) et de règles spatio-temporelles formalisées à partir d’enquêtes sur les stratégies et pratiques des agriculteurs de la région. 
Cette approche est donc pluridisciplinaire et systémique et va permettre de coupler des données hétérogènes (satellitaires, environnementales, socio-économiques…) et de tester la complémentarité entre les domaines de la télédétection et de la modélisation.

Valentin Sarah - 31/08/2020
Valentin Sarah 

Extraction et agrégation d’informations issues de données multi-sources pour la veille internationale des maladies animales infectieuses.

Thésard : Valentin Sarah  
Contact - Lieu d'accueil : Cirad - UMR Tetis et Astre
Tél. :33 (0)4 67 59 41 95 
Organisme d'accueil : Cirad
Directeur(trice) de thèse : Mathieu Roche (Cirad)
Encadrement à Tetis : Renaud Lancenot (Cirad)
Autre(s) encadrant(s) : 
Axe(s) Tetis concerné(s) : SISO
Contexte/Cadre du thésard : 
Début - Fin : 01/09/2017 - 31/08/2020
Résumé : La veille en santé animale, et notamment la détection précoce d’émergences au niveau mondial d’agents pathogènes, est l’un des moyens permettant de prévenir ou d’anticiper l’introduction en France de dangers sanitaires. 
Pour cela, dans le cadre de la Veille Sanitaire Internationale (VSI) de la Plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale (PNESA : http://www.plateforme-esa.fr), les chercheurs des unités TETIS et ASTRE développent depuis 2014 une plateforme dédiée à la veille automatique allant du recueil des données textuelles (dépêches) jusqu’à la restitution synthétique des informations extraites.
 De manière plus précise, la veille automatique qui a été proposée dans le cadre de ces travaux effectue :
     (1) le recueil quotidien de dépêches épidémiologiques provenant de sources officielles et non officielles, incluant les médias électroniques,
    (2) l’extraction automatique d’informations (nom de maladies ou signes cliniques, lieux, dates et espèces touchées) issues de ces dépêches,
    (3) une restitution synthétique et agrégée de l’information (cartes, séries spatio-temporelles). 
Outre les améliorations méthodologiques à mettre en oeuvre dans la plateforme actuelle (désambigüisation des entités spatiales, traitement de l'aspect multilingue dans la chaîne complète, classification automatique), le point le plus important de ce projet de thèse est l'identification, la combinaison et la qualification des informations et indicateurs (en particulier les signaux faibles) issus des données multisources (dépêches officielles, textes libres, etc.) pour l'identification de l'émergence de maladies. Ce travail consistera à construire un modèle général prenant en compte les éléments de différentes sources afin d’améliorer les prédictions.